Los pueblos indígenas de Paraguay han estado marginados y sometidos a abusos graves y sistemáticos desde siempre. La Comisión de Verdad y Justicia, que investigó los abusos cometidos durante la dictadura militar del general Stroessner (1954-1989) y la transición a la democracia, documentó una serie de violaciones de derechos humanos, como ejecuciones extrajudiciales, esclavitud, violencia sexual y venta de niños y niñas. También puso de relieve el modo en que estas violaciones habían impedido que los pueblos indígenas pudiesen disfrutar de sus derechos a la tierra y a la libre determinación.

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